امام جواد(ع) در دوران خود با چندين فرقه‌ انحرافی مواجه بودند. یکی از این فرقه ها، فرقه «اهل حدیث» بود که قائل به جسميت خداوند بودند. از این رو امام(ع) به شیعیان اجازه ندادند پشت سر آنها نماز گزارده و به آنان زکات بپردازند. «واقفه»، فرقه ای است كه پس از شهادت امام کاظم(ع) بر آن حضرت توقّف کرده و منكر امامت امام رضا(ع) شدند. لذا امام جواد(ع) شیعیان را از اقتدا به آنان نهی کردند. از سویی «غلات» نیز سهم بسزایی در بد نام کردن شیعیان داشتند، لذا مورد تنفر امامان(ع) بودند.

 به دستور مأمون، امام رضا(ع) به خراسان ‌آورده شد تا ولایتعهدي مأمون را بپذيرد. با شهادت امام کاظم(ع)، برخی نمايندگان امام هفتم(ع) به اموال زيادي كه نزدشان بود طمع کرده و منکر شهادت امام كاظم(ع) شده و ادّعای زنده بودن امام(ع) را داشتند. آنان با طرح موضوع «مهدویت» امام کاظم(ع)، جانشینی امام رضا(ع) را رد كردند. اما پرورش شمار زيادی از شيعيان توسط امام باقر(ع) تا امام کاظم(ع) كه اسطوانه هایی در فقه و کلام شیعی بودند، سبب شد جلوی رسوخ انحرافات در مذهب شیعه گرفته شود

از امام رضا(ع) روایات متعددی نقل شده که فرزند خود امام جواد(ع) را به عنوان پرخیر و برکت ترین مولود برای شیعه معرفی کرده است؛ این نامگذاری به این دلیل بود که گروهی به نام واقفیه، امامت امام رضا(ع) را انکار کردند و چون امام رضا(ع) تا حدود چهل و هفت سالگى داراى فرزند نشده بود، فقدان فرزند براى امام رضا(ع) بهانه ای برای واقفیه در جهت انکار امامت امام رضا(ع) بود. اما این فشارها از سوی واقفیه با تولد حضرت جواد(ع) خاتمه پیدا کرد و موضع امام و شيعيان كه از اين نظر در تنگنا بودند، تقويت گرديد.