دوران امامت امام باقر(ع) مصادف با ادامه فشارهای خلفای بنی امیه و حکام آنها بر شیعیان عراق بود؛ زیرا عراق مرکز اصلی شیعیان بود. اين فشارها جز در دو سال حكومت «عمر بن عبدالعزيز» به شدّت ادامه داشت. امام باقر(ع) با وجود اظهار علاقه شديد كوفيان به قیام، نسبت به اعتقاد و استواری شان اعتماد چندانی نداشت. از طرفی امام مجبور به رعایت تقیه بود، لکن بسیاری از شیعیان عراق در اثر فشار و اختناق موجود، انتظار داشتند که امام به عراق آمده و دست به شمشیر ببرد. در اين وضعيت، عده ای جذب «زيد بن علی» شدند كه دست به قيام زده بود.

در زمان امام باقر(ع) شيعيان زيدي معتقد به قيام با شمشير بودند؛ اما به جاي رفتن به سراغ ائمه(ع) به دنبال شخص علوی صاحب شمشير رفتند و همين امر باعث شكست شان شد. با اينكه آنها در فقه پيرو «ابوحنیفه» و در کلام پیرو معتزله بودند؛ اما فعالیت های علمی امامان شیعه، به ویژه امام باقر(ع) و امام صادق(ع) سبب پیدایش مکتبی با فرهنگ غنی شد. در اين دوران، حکام اموی به خصوص «هشام بن عبدالملك» نسبت به اهل بیت(ع) سختگیری بسياری می ‌کردند و اين به آن خاطر بود كه ايشان ادعای امامت و زعامت دینی- سیاسی داشتند.

مشكل کمی سنّ حضرت جواد، نه تنها براى بسيارى از افراد عادى، بلكه براى برخى از بزرگان و علماى شيعه نيز جاى بحث و گفتگو داشت. به همين جهت پس از شهادت امام رضا(ع)، شيعيان - بويژه شيعيان عامى - با گرداب اعتقادى خطرناك و در نوع خود بى سابقه اى مواجه شدند. به همین دلیل ديدار و بحث و گفتگوهایی با امام جواد(ع) صورت گرفت، که مايه اطمينان و اعتقاد كامل شيعيان به امامت آن حضرت گرديد و ابرهاى تيره ابهام و شبه را از فضا فكر و ذهن آنان كنار زد و خورشيد حقيقت را آشكار ساخت.

امام باقر(ع) پنجمین امام شیعه از مادري به نام فاطمه دختر امام حسن(ع) متولد شد و توسط «ابراهیم بن ولید بن عبدالملک» مسموم و به شهادت رسید و در بقیع دفن شد. نقش انگشتری ایشان که معمولاً شعار ائمه در برخورد با مشکلات زمان خود بود، «اَلْعِزَّةُ لِلّهِ جَمِیعا» بوده است. از سویی حضرت را باقر می گفتند؛ زیرا شکافنده علم بوده و اصولش را مشخص و طرز استنباط فروع علم از اصول آن را بیان كرده است. همچنین پيامبر(ص) به جابر فرمود كه عمرت طولانی می شود و فرزندم را خواهی ديد كه هم نام من است، سلام مرا به او برسان.

موقعیت علمی امام باقر(ع) به عنوان نماینده علوم اهل بیت، بسیاری را وا‌داشت تا از محضر او بهره گرفته و حل اشکالات علمی خود را از او بطلبند. لذا این شهرت علاوه بر حجاز در عراق و خراسان نیز فراگیر شده بود. گستردگی روایات امام باقر(ع) در زمینه های فقه، اعتقادات و ... سبب شد تا محدثان اهل سنت مانند «ابوحنيفه» از ايشان نقل حدیث نمایند. از سویی در میان ائمه(ع) پس از امام علي(ع)، سند بخش عمده ای از روایات به امام باقر(ع) و صادق(ع) بر می گردد؛ زیرا این دو امام بیش از امامان دیگر فرصت نشر علوم آل محمد(ص) را پیدا کردند.

در زمان امام باقر(ع) اختلافات فقهی ميان فرق اسلامی‌ و وابستگي علمای اهل سنت به حاكمان اموی باعث شد تا ضرورت احیای سنت واقعی پیامبر(ص) به دور از شائبه های تحریف عمدی خلفا و علمای وابسته به آنان احساس شود. فروکش کردن تنش های سیاسی پس از حادثه کربلا و شکست ابن زبیر و یکپارچه شدن حاکمیّت مروانیان، علما را از صحنه سیاست به حوزه درس و حدیث كشاند. نقطه نظرات فقه شیعه كه در حد اذان، تقیه، نماز میت و ... محدود بود، با ظهور امام باقر(ع) به یک جنبش فرهنگی تحسین برانگیزی تبديل شد.

امام محمدباقر(ع) سال 57 هجری در مدینه به دنیا آمد و هنگام درگذشت پدربزرگوارشان سی و نه سال سن داشت. مادرش دختر امام حسن مجتبی(ع) بود.ایشان در سال 114هجری در مدینه درگذشت و در قبرستان بقیع مدفون شد. ایشان با 5 تن از خلفای بنی امیه معاصر بود که عمدتا درباره ایشان سخت گیری می کردند.