گروهی بر این باورند كه شکل فعلی رسم الخط قرآن به دستور خاصّ پيامبر(ص) بوده و نويسندگان اوليه دخالتى در نحوه نوشتن كلمات نداشته اند و در پس اين ناهنجارى هاى نوشتارى، سرّى پنهان و حكمتى نهفته است كه جز خدا، كسى از آن آگاه نيست؛ اما دكتر «صبحى صالح» مى گويد: «ترديدى نيست كه اين مطالب، غلوّ و مبالغه اى است درباره تقديس رسم الخط مُصحف عثمانى و تكلّفى است كه مافوق آن تصور نمى شود؛ زيرا از منطق به دور است كه رسم الخط را امرى توقيفى و با دستور پيامبر(ص) بدانيم و يا تصور كنيم كه مشتمل بر اسرار است».

جمع و ترتيب، نظم و عدد آيات در هر سوره در زمان حيات پيامبر(ص) و با دستور آن بزرگوار انجام شده و اين امر، توقيفى است و بايد آن را تعبّدا پذيرفت؛ امّا ترتيب بين سوره ها تا هنگام پايان يافتنِ نزول قرآن امكان نداشت؛ زيرا در حال حيات پيامبر(ص)، هر لحظه احتمال نزول وحی مى رفت. بنابراين طبيعى است كه پس از يأس از نزول قرآن، و وفات پیامبر(ص)، سوره هاى قرآن قابل نظم و ترتيب شده است؛ لذا بيشتر محقّقين برآنند كه جمع و ترتيب سوره ها پس از وفات پيامبر(ص)، براى نخستين بار توسط امام علي(ع) سپس «زيد بن ثابت» و ديگر صحابه بزر‌گوار انجام گرفته است.

قرآن برای خداوند اسمائی را برشمرده و از انسانها خواسته که خدا را با آنها بخوانند. بعضی از مفسران معتقدند، با توجه به بیان قرآن، اسماء الهی توقیفی هستند. منابع حدیثی شیعه، مثل اصول کافی به صراحت بر توقیفی بودن اسماء الهی تاکید دارند؛ اصول کافی بابی به نام «النهي عن الصفة بغير ما وصف به نفسه تعالى» دارد. دلیل توقیفی دانستن اسماء الهی این است که انسانها بواسطه ضعف معرفتی، اسماء و صفاتی را به خدا نسبت می دهند که در شأن آن ذات مقدس نیست.

قرآن در سوره «اعراف» مشركان را به خاطر تحریف نام هاى خداوند تهديد کرده است؛ چراکه  آنان نام بت هاى خود را از نام خداوند مى گرفتند. به اين خاطر نبايد نام هايى را كه خدا براى خود نپذيرفته و شایسته مقام او نیست و مخصوص ممکنات است و یا نام هایی که معنای آن را نمی دانیم بر خداوند نهاد. به همين دليل بسيارى از دانشمندان معتقدند كه «اسماء الله»؛ (نام هاى خدا) توقيفى است؛ يعنى تنها اسماء و صفاتى را مى توان براى خدا برگزيد كه در آيات و روايات معتبر آمده باشد.

سوره از «سور بلد»؛ (ديوار بلند و گرداگرد شهر) گرفته شده است؛ زيرا هر سوره آياتى را در بر گرفته و به آن احاطه دارد؛ مانند حصار (سور) شهر كه خانه هايى را در بر گرفته است. برخى آن را به معناى بلنداى شرف و منزلتِ رفيع گرفته اند. همچنین آيه، به معناى علامت است؛ زيرا هر آيه از قرآن نشانه اى بر درستى سخن حقّ تعالى است يا آنكه هر آيه مشتمل بر حكمى از احكام شرع يا حكمت و پندى است كه بر آنها دلالت دارد.

اسامى سوره ها مانند تعداد آيات هر سوره، «توقيفي» است، و با صلاح ديد شخص پيامبر(ص) نام گذارى شده است. بيشترِ سوره ها يك نام دارد و برخى دو يا چند نام. اين نام گذارى‌ها، طبق شيوه عرب با كوچك ترين مناسبت انجام مى گرفته است. مانند: سوره حمد با نام هاي «فاتحة الكتاب»، «امّ الكتاب» و «السّبع المثانى» نام گذاری شده است. «جلال الدين سيوطى» بيش از بيست نام براى اين سوره آورده است. از سویی نام هر يك از سوره ها براى آن سوره عَلَم شده، و اگر با يكى ديگر از اسباب منع صرف جمع شود «غير منصرف» خواهد بود.