هارون در ابتداي حكومت خود نسبت به امام كاظم(ع) سختگیری چنداني نشان نمی داد؛ ولی به مرور زمان، حضرت را تحت فشار قرار داد تا جائي كه امام(ع) را دو بار به زندان انداخت و در مرتبه دوم چهار سال طول كشيد. هارون از اين كه شیعیان به امامت امام كاظم(ع) اعتقاد داشتند هراس داشت و سعايت برخی از نزدیکان امام(ع) نزد او و كينه شخصی «یحیی بن خالد برمکی» نسبت به امام(ع) همه دست به دست هم دادند تا هارون دستور قتل امام كاظم(ع) را در زندان صادر كرد.

بعد از جنگ جمل على(ع) به معاویه نامه نوشت و او را دعوت به بیعت و اطاعت نمود، ولى معاویه به آن حضرت اعلام جنگ داد و مردم شام را براى این کار بسیج کرد. امام(ع) نیز مردم کوفه را براى رفتن به سوى صفّین بسیج نمود. در جبهه صفین، امام(ع) که مى خواست تا امکان دارد، درگیرى واقع نشود، با خویشتن دارى بسیار، بارها و بارها با اعزام نمایندگان و ارسال نامه، از آنها خواست که دست از راه خلاف بردارند ، ولى هیچ یک از این امور سودى نبخشید و سرانجام آتش جنگ در ماه ذى الحجّه سال 37 شعله ور شد.