«اعجاز قرآن»، يكى از مسائلى است كه شبهه «تحريف» را نفى مى كند. علما مسئله اعجاز را بزرگترين دليل بر ردّ شبهه تحريف دانسته اند؛ زيرا احتمال زيادت - چنانکه برخى از خوارج گفته اند سوره «يوسف» بر قرآن افزوده شده، چون يك سرگذشت عاشقانه است - و يا كاستن از قرآن - آن گونه كه «عبدالله ‌بن مسعود» گفته دو سوره «معوّذتان» جزء قرآن نيستند - همچنین احتمال تبديل كلمات قرآن، چنان كه «شيخ نوری» پنداشته؛ درباره قرآن منتفى است؛ زيرا لازمه تغییر، امكان هم آوردى با قرآن است، که در این صورت شبهه تحریف با مسئله اعجاز در تضادّ است.