اولا: دایره هستی منحصر به «محسوسات» نیست و در جهان هستی امور بسیار زیادی وجود دارند که از قلمرو دید و حس ما بیرون اند ولی کسی منکر وجود آنها نیست.
ثانیا: منظور امام علی(ع) نمی تواند «رؤیت جسمانی» خدا باشد؛ زیرا خود تصریح می کند که: «او را چشم ها با مشاهده ديدگان‌ نمي بينند وليكن‌ دل ها به‌ حقائق‌ ايمان‌ مي‌ بينند».
طبق «منطق معنوی» خداباوران، انسان با بندگی و تقوا می تواند به مرحله ای برسد که هیچ شکی نسبت به حقایق نداشته باشد، به گونه ای که گویا حقایق را با چشم می بیند.
ثالثا: ابزار شناخت خداوند، «براهین عقلی و فلسفی» و نظر به آیات و نشانه های او در جهان و اندیشه در نظم موجود در آفرینش است؛ هر كس مى‏ تواند با نظر به «آثار خداوند» در جهان به طور اجمال از وجود ذات و صفات پروردگار آگاه شود.

در جهان اتم ها بیش از همه چند خصوصیت جلب توجه مى کند: 1- تا کنون بیش از صد عنصر کشف شده که از یک تا صد الکترون دارند. 2- نیروی جاذبه و دافعه در اتم ها طوری است که الکترون ها همیشه در حال تعادل اند. 3- الکترون هاى اتمها در مدارهاى متعدد و در فاصله هاى معین هر کدام در مرز خود با سرعت در حرکتند، بدون این که تضادى میان آنها رخ دهد. 4- اتم چنان نیروی عظیمی دارد که یک بمب بسیار کوچک اتمى می تواند یک برج فولادى را آب کرده و سپس بخار نماید.

زوجیت عمومی مورد اشاره برخی آیات قرآن در تمام مخلوقات می تواند یا به این معنا باشد که همه موجودات فراتر از حیوانات و گیاهان دارای جنس نر و ماده اند و یا به معنای زوج زوج بودن بسیاری از اصناف پدیده هاست، هم چون شب و روز و جنگ و صلح و خورشید و دریا و... . اما امروزه با پیشرفت دانش بشری و کشف این حقیقت که کوچک ترین اجزای تشکیل دهنده جهان یعنی اتم ها نیز از دو بخش الکترون و پروتون تشکیل شده اند می توان به تفسیر دقیق تری از این گونه آیات دست یافت.

ساختمان هر اتم از نوترون، پروتون و الکترون تشکیل شده، هسته هر اتم از پروتون و نوترون، تشکیل شده و الکترون ها با سرعت بالایی در اطراف هسته، در گردشند. اتم دارای قدرت عظیمی است اما انسان های ناآگاه، از نیروی اتم، بمب های اتمی ساخته و به کشتار بی گناهان می پردازد، همانند بمباران اتمی دو شهر ژاپن، که نمونه ای از انحراف در مسیر استفاده از نیروها و منابع حیاتی است.  از سوى دیگر مطالعه در دنیای اتم­ها، ما رابه خداوند بى نهایت بزرگ راهنمائى کرده و با عظمت، قدرت و علم بى پایان او آشنا مى سازد.