بعد از جنگ نهروان، امام علی(ع) در پاسخ يارانش كه گفتند: تمام خوارج نابود شدند، فرمود: «نه؛ به خدا سوگند [اين گونه نيست] آنها نطفه هايى در پشت پدران و رحم مادران خواهند بود!». منظور امام اين است كه خوارج، اشخاص نيستند؛ بلكه يك جريانند. هم اكنون نيز گروههايي مثل وهابيون، افكار و اعمال خوارج را دنبال می كنند. آنها به بعضى از ظواهر عبادات، سخت پايبندند و گاه انجام كوچك ترين مكروهات را جايز نمى دانند ولی غالب مسلمانان شيعه و سنّى را مشرك مى شمرند و برای جان و مال و ناموس آنها هیچ ارزشی قائل نیستند.

هنگامی که شرارتهاى خوارج بالا گرفت، امام علی(ع) به سوی آنها رفت تا كارشان را يكسره كند. ایشان درباره سرنوشت خوارج دو خبر غيبى بیان نمود. یکی اینکه در جواب کسانی که خبر دادند خوارج از نهر عبور کرده اند، فرمود: «آنها از نهر عبور نخواهند کرد، زیرا قتلگاه آنها در اين طرف نهر است» و دیگر اینکه فرمود: «از آنها ده نفر نجات نخواهد يافت و از شما ده نفر كشته نخواهد شد». همان طور كه حضرت خبر داده بود، آنها در همان طرف نهر کشته شدند و تنها نه نفرشان از مرگ نجات یافته و از سپاه امام نيز هشت نفر شهيد شدند.

از منظر «خوارج» ارتکاب گناه کبیره سبب کفر و ارتداد می شود و این گمراهی ناشی از توسل به ظاهر برخی از آیات و عدم درک مفهوم آن آیات است. غافل از اين كه: واژه كفر در لغت و اصطلاح شرع، همواره به معنى خروج از اسلام نيست بلكه دارای درجات و مراحلى است. امام على(ع) سیره پیامبر(ص) را نشان از بطلان این عقیده می داند زیرا حضرت بر گنهكاران بسیاری حد شرعى اجرا مى کرد اما در عين حال، تمام احكام اسلام را نسبت به آنان رعايت مى فرمود که نشان مى دهد مرتكب گناه كبيره هرگز، كافر و مرتد نيست.

«خوراج» جمعیتی گمراه و گرفتار تضادها و تناقض های فکری بودند و به کوچک و بزرگ رحم نمی کردند، و به تعبیر امام علی(ع) آنان شمشيرهايشان را بر دوش گذاشته و به هر بهانه اى خون مى ريختند. همانند کشته شدن «عبدالله بن خباب» فرزند صحابى پيامبر(ص) و همسر باردارش كه نمونه ديگرى از جنايات وحشتناك آنهاست اين در حالى است كه اگر يكى از آنها خوكى را مى كشت او را مصداق مفسد در ارض می دانستند.

امام علی(ع) برای شکستن ابهت خیالی خوارج، آنان را مورد سرزنش قرار داده و می فرماید: «شما شرورترين مردم و كسانى هستید كه شيطان، آنها را به سرگردانى كشانده است. افكار شيطانى و اعمال ضد انسانى شما، بهترين گواه بر اين معناست». در واقع بر اساس توصيف امام آنان بدترين گروهى بودند كه در بین مسلمين ظاهر شدند نه تنها به خاطر تکفیر امام على(ع)، بلكه به سبب ایجاد يك مكتب انحرافى كه از نظر عقيده و احكام، با قرآن و سنت پيامبر(ص) فاصله داشت.

در جريان جنگ «صفين» و بر اثر قرآن به نيزه كردن معاويه، گروهي از سپاهيان امام علي(ع) با شعار «لا حكم الا لله»، امام(ع) را به پايان دادن جنگ و پذیرش «حكميت» مجبور کردند. پس از انحراف در قضيه «حكميت»، آنان از لشكر امام(ع) جدا شده و در منطقه «حروراء» اجتماع كرده و بر عليه حكومت امام(ع) شوريدند. امام(ع) تلاش‌های بسياری به عمل آورد تا آنها را به راه راست هدايت کند و گروه زيادی نیز از آنها جدا شدند؛ اما بقيه آنها در جريان جنگ «نهروان» به طور كامل شكست خورده و به جز ده نفرشان، همگي كشته شدند.

بعد از جنگ نهروان، شش قیام پراکنده علیه امام علی(ع) به راه افتاد، که امام همه آنان را سرکوب کرد. سرکرده این قیامها عبارتند از: 1- اشرس بن عوف شيبانى همراه با دويست تن. 2- هلال بن عُلّفه از قبيله تَيْم الرّباب، به همراه برادرش مُجالد. 3- اَشهب بن بِشْر همراه با يكصد و هشتاد تن. 4- سعيد بن قفل تيمى همراه با دویست تن . 5- ابو مريم سعدى تميمى. 6- خرّيت بن راشد.

امام علی(ع) خطاب به «خوارج» می فرماید: «زمانی كه سپاه معاويه قرآنها را بر سرنيزه كرد، خواستید به حكميت كتاب خدا راضی شویم». آنگاه یادآور می شود: «حکمیت ظاهرش ايمان و باطنش كفر بود اما شما آن را پذيرفتيد». حال که در دام آن گرفتار شده اید فريادتان بلند است. هم چنین مى فرمايد: «به خدا سوگند! اگر از پذيرش حكميت سرباز مى زدم، خداوند گناه آن را بر دوش من نمى گذاشت و اگر آن را پذيرفتم باز هم قرآن به حقانيت من گواهى مى دهد».

پیش از آغاز نبرد نهروان امام علی(ع) عبدالله بن عباس را به سوی خوارج فرستاد تا دلایل مخالفت آنان را بپرسد. آنان گفتند ایرادهایی دارند که سبب کفر و آتش دوزخ می شود. نخست او نام اميرالمؤمنين را از صلحنامه محو كرد، حال اگر او اميرمؤمنين نيست، ما از مؤمنانيم و او امیر ما نیست. از سویی او حكميت را به دیگران سپرد در حالى كه ما او را صالح تر مى دانيم. هم چنین او افراد را داور در دين خدا قرار داد در حالى كه داورى مخصوص خداوند است. در نهایت او وصى پيامبر(ص) بود و حق وصيت را ادا ننمود.

امام علی(ع) در پاسخ به خوارج که می گفتند: «هر گنهكارى كافر است»، می فرماید: «پیامبر(ص) زناكار را سنگسار مى كرد، اما بر وى نماز مى خواند و ارثیه او را در بین خانواده اش تقسيم مى کرد. پیامبر آنها را مجازات مى كرد اما سهم آنها را از بیت المال پرداخت می کرد». در واقع پیامبر(ص) پس از اجرای حکم، تمام احكام اسلام از جمله ازدواج با زنان مسلمان و گرفتن سهم از بيت المال را براى آنها مجاز مى دانست، در حالى كه اگر كسى با گناه كبيره كافر شود بايد هيچ يك از اين امور در حق او اجرا نگردد.