مرگ مستنصر باعث انشقاق بزرگ در درون فاطمیان گردید. مستنصر، نزار پسر ارشد خود را به جانشینى خود منصوب کرده بود، ولى افضل (پسر بدر الجمالی وزیر مستنصر) که مى دانست با آمدن نزار از کار برکنار مى شود و یا قدرتش محدود مى شود، کوچکترین فرزند مستنصر را که بیشتر از بیست سال نداشت و به تازگى خواهر افضل را به همسرى گرفته بود، به عنوان امام اسماعیلیه مطرح ساخت و از بزرگان کاخ فاطمیان براى وى بیعت گرفت و به این ترتیب باعث ایجاد دو فرقه بزرگ در اسماعیلیه شد.

مویدالدین شیرازى در آغاز رئیس دعوت اسماعیلى در فارس بود. در زمان وى اکثریت فارس همچون حاکم منطقه از اهل سنّت بودند، بنابراین رهسپار قاهره شد و سرانجام در سال 438 هجری به مصر رسید. در آن جا مسئولیت گوناگونى داشت. ریاست دیوان انشاء فاطمیان، رئیس یک هیئت نظامى و داعى الدعاتى از مهم ترین سمت هاى او بود. او در مقام داعى الدعاتى به تدریس در دارالعلم الازهر پرداخت و در سال 470 هجری قمری از دنیا رفت. وى استاد ناصر خسرو و ملک بن مالک حمادى، قاضى القضات یمن بود و هشتصد مجلس درس را انشاء کرد.

هندیان از قرن چهارم به بعد با اسماعیلیان آشنا شدند؛ بیشتر آنها در شرق و در پاکستان امروزى بودند. در سال 460 هـ اولین داعى اسماعیلى به گجرات آمد و به تبلیغ کیش اسماعیلى پرداخت. اسماعیلیان گجرات به بُهره ها شهرت یافتند. به خاطر پیروى امر دعوت اسماعیلى در هند از دعوت اسماعیلیه یمن، بعد از جدایى یمنى ها از فاطمیان، بهره هاى گجرات نیز طرفدار امامت طیب شدند و از داعیان مطلق یمن تبعیت کردند. دعوت اسماعیلى طیبى به خوبى در هند پیشرفت کرد و شهرهاى کامباى، سیدپور و احمدآباد را درنوردید.

احمد بن حمدان در رى به دنیا آمد. وى از سالهاى 295 هـ در رى به تبلیغ اسماعیلیه پرداخت. در حدود سال 310 هـ توانست امیر احمد بن على حاکم رى را به کیش اسماعیلى درآورد. سامانیان به رى لشگر کشیده و امیر احمد را خلع کردند و ابوحاتم به طبرستان گریخت. در آنجا مرداویج، یکى از نظامیان منطقه را به کیش اسماعیلى دعوت کرد. گویا ابوحاتم در دیلم ادعاى ظهور مهدى در تاریخ معینى را کرد، ولى چون زمان مقرر مهدى ظهور نکرد، مردم از وى بریده و مرداویج قصد جان وى را کرد. او نیز فرار کرده و در سال 322 ق از دنیا رفت.

اسحاق بن احمد در سیستان به دنیا آمد و در سال 322 هـ در بغداد نزد اسماعیلیان مشغول تحصیل بوده و به جمع شاگردان نسفى در خراسان پیوسته است. بعد از قتل نسفى در سال 332 هـ سجستانى جانشین وى شد. او یکى از نویسندگان پرکار اسماعیلیه است. گویند، بعد از سال 361 هـ  که کتاب «الافتخار» خود را نوشت توسط خلف بن احمد، حاکم سیستان به قتل رسید.

محمد بن نعمان، پایه گذار فقه اسماعیلى و بزرگ ترین فقیه در همه ادوار اسماعیلیه است. او در مغرب به دنیا آمد و در سن بیست سالگى در سال 313 هجری به خدمت عبیدالله المهدى درآمد و تا آخر عمر در سال 363 هجری به مدت پنجاه سال به خلفاى فاطمى خدمت کرد. او از سال 334 هجری قاضى فاطمیان بود و در دوره معز (365-341 هـ) قاضى القضات اسماعیلیان فاطمى شد. از مهمترین کتب وى «دعائم الاسلام»، مهمترین کتاب فقهى اسماعیلیان در طول تاریخ  می باشد. او در سال 363 هـ در مصر درگذشت و در قاهره مدفون گردید.

تاریخ طبرى، الکامل ابن اثیر، کتاب افتتاح الدعوه قاضى نعمان درباره نخستین دوره فاطمیان و کتاب عیون الاخبار نوشته داعى یمنى، ادریس قرشى، تاریخ الاسماعیلیه و الموسوعة التاریخیّة للخلفاء الفاطمیین. اخبار ملوک بنى عبید، قلقشندى در صبح الاعشى، ابن تغرى بردى در النجوم الزاهره فى ملوک مصر و القاهره و مقریزى در اتعاظ الحنفاء بأخبار الائمة الفاطمیین الخلفاء به طور مفصّل و مشروح به اخبار دولت فاطمیان پرداخته و بسیارى از مطالب و اسناد را براى ما حفظ کرده اند.

حسن سوم فرزند محمد بن حسن بن محمد، که با لقب جلال الدین به جاى پدر نشسته بود، نظریه اعلام قیامتِ حسن دوم را مردود دانست و به پیروان خود دستور داد که به شریعت بازگردند. ولى با نهایت تعجب، نه به شریعت اسماعیلیه که در دروه فاطمیان به آن عمل مى شد، بلکه به اهل سنت شافعى. نزاریان علت آنرا انزواى شدید نزاریان از سوى مسلمانان دانسته اند، که حسن سوم با این کار مى خواست آنها را با عالم اسلام آشتى دهد. این عملِ حسن سوم، بر اساس تقیه، که اسماعیلیان در طول تاریخ از آن استفاده کرده بودند، توجیه گردید.

زمام داران اموى و عباسى اين تفاوت را داشتند كه خلفاى اموى - به استثناى معاويه و عمر بن عبد العزیز - چندان ارتباطى با رجال و دانشمندان دينى نداشتند، بلكه بيشتر به امور سیاسی، از قبیل سرکوب ساختن نهضت های داخلی، فتوحات خارجی، تنظیم امور مالى كشور و امثال اينها مى‏ پرداختند. از اين رو حكومت آنان از وجهه دينى بر خور دار نبود. ولى هنگامى كه عباسيان روى كار آمدند، قضيه برعكس شد: حكومت رنگ دينى به خود گرفت، كوشش براى بهره‏ بردارى از عوامل مذهبى به نفع حكومت آغاز گرديد، و تظاهر به دين دارى رواج يافت.

بعد از قطع روابط صلیحیون یمن با فاطمیان مصر، عده اى از اسماعیلیان یمن به حافظ عبدالمجید وفادار مانده و امامت وى را پذیرفتند، ولى به خاطر طرفدارى «ملکه سیده» از امامت «طیب» اکثریت اسماعیلیانِ یمن طرفدار امامت طیب شده و طیبیان را تأسیس کردند. ملکه سیده تا زمان مرگش(532 هـ ق) با تمام توان به تبلیغ امامت طیب پرداخت. با مرگ ملکه سیده، قدرت صلیحیون نیز کاهش یافته و فقط قلعه هاى دور افتاده در دست طیبیان باقى ماند. در سال 974 هـ ق،  پایگاه اصلى داعیان مطلق طیبى از یمن به هند نقل مکان کرد.