گویا شمس الدین محمد بن خورشاه در سال 710 هـ از دنیا رفته و بر سر جانشین وى اختلافاتى در گرفته است. در اینجا نیز نزاریان به دو فرقه محمدشاهى و قاسم شاهى تقسیم شدند.  فرهاد دفترى قائل است که آثار محمدشاهى به این اختلاف اشاره کرده و آن را به بلند پروازى هاى قاسم نسبت مى دهند.

بعد از حمله مغول به ایران، اسماعلیلیان نزارى صدمات سختی را متحمل شدند. بنابه نقل جوینى فقط در قهستان دوازده هزار مرد را قتل عام کردند و زنان و کودکان نزارى در بازار خراسان فروخته شدند. خورشاه با نه نفر از همراهان خود در شمال غرب مغولستان به قتل رسیدند و خانواده وى که به قزوین تبعید شده بودند، مدتى بعد کشته شدند. جوینى گزارش مى دهد که پس از فتح قلاع نزاریان و قتل عام آنها نشانى از آنها بر جاى نماند و جز افسانه اى در زبان ها و خبرى در جهان باقى نماند.

در دوران علاء الدین محمد سوم، ایران مورد تاخت و تاز مغولان قرار گرفت. در سال 651 هجرى قلاع خراسان به تصرف مغولان درآمد و قلعه الموت مورد محاصره مغولان قرار گرفت. در سال 653 هجرى علاء الدین محمد به قتل رسید و خورشاه فرزند محمد جانشین پدر شد. خورشاه بعد از مقدارى جنگ و خونریزى، با مشورت وزیران و مشاورانش در شوال 654 هجرى تسلیم هلاکوخان شد و به تمام قلاع نزاریان دستور داد که خود را تسلیم کنند. آخرین قلعه، قلعه گردکوه دامغان بود که بعد از پانزده سال مقاومت در سال 669 هجرى تسلیم شد.