آیه «واقتلوهم حیث ثقفتموهم‏» را باید با توجه به آیات قبل و بعد از آن تفسیر کرد؛ آیات 190 تا 193 سوره بقره درباره حکم و آداب جهاد با مشرکان و کافران «تجاوزگر» است. اين آیات دعوت به پيكار با كسانى مى كنند كه بر مسلمانان تاخته بودند، و آنها را از خانه خود بيرون كرده و از هيچ جناياتى در حقشان ابا نداشتند، مسلمانان را براى تغيير دينشان پيوسته در فشار گذاشته و شكنجه مى دادند. قرآن پيكار با اين گونه افراد را واجب مى‏ داند، نه بخاطر اینکه کافر یا مشرک بودند بلکه بخاطر اینکه با اسلام در ستیز بودند.

یزید از مادری مسیحی به نام میسون متولد شد، معاویه، مادر یزید را در حال بارداری طلاق داد و یزید در قبیله مادرش پرورش یافت و پیش از آن که تربیت او اسلامی باشد، مسیحی بود. از سوی دیگر، حضور مستشاران مسیحی و اخطل شاعر مسیحی که در مجالس میگساری و ساز و آوازهمراه یزید بود، از عوامل بی پروایی یزید نسبت به ارزش های اسلامی می باشد.

متوکل در مورد مسيحى ای كه با زن مسلمانى زنا كرده بود و اظهار اسلام کرده بود و علما در حکم آن اختلاف داشتند از امام هادی(ع) استفتاء کرد. امام فرمود: «آنقدر بايد شلاق بخورد تا بميرد». این فتوا با مخالفت شديد «يحيى بن اكثم» و ساير فقها روبرو گرديد و گفتند: مدرك اين فتوا چیست؟ امام فرمودند: «هنگامى كه قهر و قدرت ما را ديدند، گفتند: به خداى يگانه ايمان آورديم و به بتها كافر شديم، ولى ايمانشان هنگام سودى ندارد». متوكل، پاسخ مستدل امام را پذيرفت و دستور داد حد زناكار طبق فتواى امام اجرا شود.

نظام های رهبانی از قدیمی ترین نظام ها هستند که تاریخ آن ها به نیمه ی اول قرون وسطا می رسد. همه آنها دارای قوانین کم و بیش دقیقی هستند. کار پیروان این نظام ها اساساً از یک سلسله اعمال مرتاضانه و زندگی فداکارانه، همچنین کارهایی که به مردان اختصاص دارد، و مطالعه تشکیل می شود. افراد این نظام ها مصداق واقعی کلمه ی «راهب» هستند.

اعجاز ظاهری، یکی از ویژگی های بارز قرآن است. کلمات زیبا و جملات آهنگین آن، بر روح و جان انسان تاثیر می گذارد. در این بین، غیرمسلمانانی که با واژگان عربی هیچگونه آشنایی ندارند، هنگام شنیدن آیات قرآن، آن را متنی ممتاز و معجزه آسا می دانند.

گروهی از مسلمانان مکّه بر اثر ظلم مشرکان، به حبشه مهاجرت کردند. مشرکان نمایندگانی را به همراه هدایای بسیار به حبشه فرستادند و از نجاشی خواستند پناهندگان را تحویل دهد. نجاشی، برای شنیدن سخن مسلمانان، دستور داد آنان را حاضر کنند. جعفربن ابیطالب در حضور نجاشی و دانشمندان مسیحی، به بیان ویژگی های اسلام و دین پدران خود پرداخت و با قرائت آیاتی از قرآن، به داستان حضرت مریم و تولد حضرت عیسی(ع) پرداخت. این آیات، نجاشی و روحانیون مسیحی را تحت تاثیر قرار داد و از بازگرداندن مسلمانان امتناع کردند.

«ابو حصين» ازپيامبر(ص) خواست تا دو پسرش را که تحت تاثير آئين مسيح بودند با اجبار به اسلام بازگرداند، که آيه فوق نازل و اين حقيقت را بيان داشت: «در گرايش به مذهب اجبار و اکراهى نيست».

یکی از مسلمانان با دو مسیحی به تجارت رفت. در اثناى راه مسلمان بیمار شد و از دنیا رفت. وی وصیت نامه اى نوشت و در اموال خود مخفی کرد. همسفرانش متاع گران قیمت او را برداشتند و بقیه را به ورثه اش باز گرداندند. وقتی ورثه قسمتى از اموالش را نیافتند مطلب را با همسفرانش در میان گذاشتند اما آنها انکار کردند. ورثه هم به پیامبر(ص) شکایت کردند. آیه فوق نازل شد و حکم این کار را بیان کرد.