اولین مرحله از نفوذ شیعه در حكومت عباسی به شكل یک جریان قوی، ماجرای ولایتعهدی امام رضا(ع) است؛ اما پیش از آن نیز «علی بن یقطین» با اذن امام کاظم(ع) وارد دستگاه عباسی شد. در زمان مقتدر عباسی بسیاری از شیعیان برجسته دارای مشاغل حکومتی و اداری شدند، مانند فرمانروايي «بحرين» براي «حکم بن علیا»، وزارت براي «محمد بن اسماعیل بن بزیع» و «احمد بن حمزه»، قضاوت «كوفه» براي «نوح بن دراج» و ... . نكته قابل تأمّل این که شیعه از یک سو حکومت عباسیان را نامشروع می دانست و از سوی دیگر در حکومت آنها تا حد وزارت به کار می پرداخت.

جعفر فرزند امام هادى(ع) پس از رحلت برادرش امام عسكرى(ع) اقدامات ناشایستی انجام داد كه برخی از آنها عبارتند از: قصد نماز بر پيكر برادرش امام عسکری(ع)، ادعاى امامت و رهبرى شیعیان، تصاحب اموال امام عسکری(ع) بعنوان وارث، و از همه زشت تر تحریک حکومت برای دستگیری برادرزاده اش امام مهدی(عج).

ایشان با وجود همه فشارها و كنترل های حكومت عباسى، يك سلسله فعاليت هاى سياسى، اجتماعى و علمی انجام ‏ داده اند. مانند؛ تبيين انديشه صحيح اسلامى در دفاع از آيين اسلام و ردّ اشكال ها و شبهات، ايجاد شبكه ارتباطى با شيعيان مناطق مختلف از طريق تعیین نمايندگان، فعاليت هاى سرّى سياسى، حمايت و پشتيبانى مالى از شيعيان به ويژه ياران خاص، تقويت و توجیه عناصر مهم شيعه در برابر مشكلات، استفاده گسترده از آگاهى غيبى براى جلب منكران امامت و دلگرمى شيعيان و بالاخره آماده سازى شيعيان براى دوران غيبت.

اسناد و شواهدى در دست است كه از يك سو عمق شيطنت و وسعت نقشه‏ هاى خائنانه دربار عباسى در مورد امام و يارانش را نشان مى ‏دهد، و از سوى ديگر هوشيارى و تدابير امنيتى امام را به خوبى جلوه گر مى ‏سازد. شناسایی و معرفی نفوذی ها و خنثی کردن دسیسه آنها، نوشتن مکتوبات، گاهى با قلم باريك و گاهى با قلم پهن برای اجتناب از شناسایی و دادن دستور العمل به یاران خود در مورد نحوه برخورد و معاشرت با حضرت، از نمونه اقدامات تامینی امام(ع) به شمار می رود.
 

با وجود آن که حکومت عباسی تلاش های گسترده ای برای دست یابی و کشتن حضرت مهدی(عج) انجام داده بود. لکن ولادت آن حضرت به صورت مخفیانه در خانه امام عسکری(ع) انجام پذیرفت. این پنهان کاری سبب شد تا شیعیانی خاص، تنها در فرصت های مناسب بتوانند به دیدار آن حضرت نائل شوند. مهم ترین این ملاقات ها، دیدار چهل تن از اصحاب امام عسکری(ع) با آن حضرت می باشد.

در دوران «المهتدی» خلیفه عباسی، فردی به نام «علی بن محمد» در بصره ظهور کرده و آتش انتقام را در دل بردگان شعله ور ساخت و آنان را به قیام علیه اربابان خود فراخواند. او چهارده سال بر بخش عظيمى از عراق و ايران حکومت کرد و سرانجام توسط حکومت عباسی سرنگون شد. او برای مشروعیت خود از آبروی خاندان پیامبر(ص) بهره گرفت اما امام عسكرى(ع) فرمودند: «صاحب الزنج از ما اهل بيت نيست». هر چند شورش صاحب زنج در جهت حمايت از بردگان بود ولى در عمل سبب کشته شدن بسیاری از بى گناهان و ويرانى هاى عظيمى گردید.