هنگامى كه لشكر شام قرآن ها را بر سر نيزه ها بلند كردند، اميرمؤمنان(ع) فرمود: «اى مردم من سزاوارترين كسى هستم كه به دعوت قرآن پاسخ مى گويم و ليكن معاويه و عمرو بن عاص و ابن ابى معيط و حبيب بن مسلمه و ابن ابى سرح نه دين دارند و نه اهل قرآنند من آنها را بهتر از شما مى شناسم. از كوچكى با آنها بودم و در بزرگسالى نيز با آنها سر و كار داشتم آنها بدترين كودكان و بدترين مردان بودند». از اين عبارت معلوم مى شود كه امام(ع) به اين حكميت ساختگى و دروغين قرآن هرگز راضى نبود.

بعد از جنگ نهروان، امام علی(ع) در پاسخ يارانش كه گفتند: تمام خوارج نابود شدند، فرمود: «نه؛ به خدا سوگند [اين گونه نيست] آنها نطفه هايى در پشت پدران و رحم مادران خواهند بود!». منظور امام اين است كه خوارج، اشخاص نيستند؛ بلكه يك جريانند. هم اكنون نيز گروههايي مثل وهابيون، افكار و اعمال خوارج را دنبال می كنند. آنها به بعضى از ظواهر عبادات، سخت پايبندند و گاه انجام كوچك ترين مكروهات را جايز نمى دانند ولی غالب مسلمانان شيعه و سنّى را مشرك مى شمرند و برای جان و مال و ناموس آنها هیچ ارزشی قائل نیستند.

در جريان جنگ «صفين» و بر اثر قرآن به نيزه كردن معاويه، گروهي از سپاهيان امام علي(ع) با شعار «لا حكم الا لله»، امام(ع) را به پايان دادن جنگ و پذیرش «حكميت» مجبور کردند. پس از انحراف در قضيه «حكميت»، آنان از لشكر امام(ع) جدا شده و در منطقه «حروراء» اجتماع كرده و بر عليه حكومت امام(ع) شوريدند. امام(ع) تلاش‌های بسياری به عمل آورد تا آنها را به راه راست هدايت کند و گروه زيادی نیز از آنها جدا شدند؛ اما بقيه آنها در جريان جنگ «نهروان» به طور كامل شكست خورده و به جز ده نفرشان، همگي كشته شدند.

بالا بردن قرآنها بر سر نيزه ها توسط سپاه شام به دستور عمرو عاص، توطئه ای بود که از سوى منافقان و افراد نفوذى در سپاه امام على(ع) تقویت و تکمیل شد. آنها ساده لوحان سپاه امام را فریفتند و با شدّت از امام خواستند كه جنگ را متوقف كند. آنها امام(ع) را تهدید کردند که اگر دستور بازگشت به مالك ندهی تو را خواهيم كشت، در اين هنگام امام(ع) در برابر پيشنهاد حكميت، تسليم شد تا مشكل عظيم ترى را با مشكل كوچك ترى برطرف سازد.

امام علی(ع) در برخورد با معاويه، راههاى مختلف مسالمت آميز را بكار برد؛ ولى هيچ كدام سودى نبخشيد و نشان داد كه معاويه در برابر هيچ منطق و دليلى سر تسليم فرود نمي آورد. او فقط به فكر رسيدن به حكومت بود و حاضر بود در پاى آن همه چيز را قربانى كند! بديهى است در برابر چنين شخصى، دو راه بيشتر وجود ندارد يا تسليم شدن و سپردن مقدّرات جامعه اسلامى به چنين فردى خودخواه و خودكامه و يا دست بردن به اسلحه و پاكسازى جامعه از لوثِ‌ وجود او! بنابراين براى امام(ع) راهى جز جنگ و پيكار باقى نمانده بود.

بعد از جريان حكميت، گروهى از خوارج كه خود پيشنهاد «حكميت» داده بودند، پشیمان شده و بي شرمانه به امام(ع) گفتند که اعتراف به كفر کرده و توبه نماید. ایشان در پاسخ فرمود: «طوفانى [از بلا] بر شما مسلّط شود و همه شما نابود شويد. آيا بعد از ايمانم به خدا و جهادم با رسول خدا به كفر خود گواهى دهم؟ اگر چنين كنم گمراه شده ام. [اميدوارم] به بدترين جايگاه رهسپار شويد و به سرنوشت گذشتگان خود (مشركان عصر جاهلي) دچار شوید، بدانيد كه بعد از من، ذلّت تمام وجود شما را فراخواهد گرفت و مستکبران بر شما مسلط می شوند».

امام علی(ع) بر اساس عهد نامه حکمیت به حکمین یک سال فرصت اندیشه و تصمیم گیری می دهد که با انتقاد گروهی نادان مواجه می شود، حضرت در پاسخ می فرماید: «اين فرصت برای آن بود كه ناآگاهان در جستجوى حقيقت برآيند، و آگاهان به مطالعه و مشورت پردازند و تمام جوانب مسأله را روشن سازند». سپس مى افزايد: «شايد خدا در اين فاصله، كار امت را اصلاح كند و راه تحقيق بر آنها بسته نشود، در جستجوى حق عجله نكنند». اما خوارج لجوج و ناآگاه اصرار داشتند كه به سرعت تصميم گيرى شود و سرنوشت امت را به خطر بيندازند.

«خوراج» جمعیتی گمراه و گرفتار تضادها و تناقض های فکری بودند و به کوچک و بزرگ رحم نمی کردند، و به تعبیر امام علی(ع) آنان شمشيرهايشان را بر دوش گذاشته و به هر بهانه اى خون مى ريختند. همانند کشته شدن «عبدالله بن خباب» فرزند صحابى پيامبر(ص) و همسر باردارش كه نمونه ديگرى از جنايات وحشتناك آنهاست اين در حالى است كه اگر يكى از آنها خوكى را مى كشت او را مصداق مفسد در ارض می دانستند.

مورخین در ارتباط با عقاید خوارج نوشته اند: خوارج، عثمان و امام علی(ع) را تکفیر کرده و مرتکب گناه کبیره را کافر می داند و از حکمیت ابوموسی و عمروعاص اعلام برائت کرده و معاویه و پیروانش را کافر می دانند. همچنین برخی گفته اند خوارج معتقد اند خليفه را بايد مردم انتخاب كنند خواه از قريش، عرب و یا غیر از این ها باشد. اما باورهای «اباضیه» به عقاید شیعه نزدیک است. اباضیه رویت خدا را محال دانسته و مرتکب گناه کبیره را مرتد ندانسته و تولی و تبری نسبت به دوستان خدا و دشمنان حق را لازم می داند.

امام علی(ع) پس از استقرار در كوفه به فكر حل مشكل شام افتاد. ابتدا با نوشتن نامه، سعي كرد تا معاويه را به كنار رفتن تشويق كند؛ اما وقتی ديد كه كار معاويه جز با جنگ حل نخواهد شد كوفيان را به جهاد با معاويه فرا خواند. دو سپاه در كنار رود فرات اردو زدند و پس از رايزنی های بسيار جنگ از سوی معاويه آغاز شد. در ابتدا پيروزي با كوفيان بود؛ اما بر نيزه كردن قرآن از سوی دشمن، موجب اختلاف در كوفيان و پذيرش حكميت شد. حکمیت نیز با حیله عمرو بن عاص به سود معاویه پایان یافت.